Net zoals bij de vorige Pokémon-spellen, X en Y beide volgen een lineaire verhaallijn; de belangrijkste gebeurtenissen in een vaste volgorde. De hoofdpersoon van Pokémon X en Y is een jonge tiener die net was verhuisd naar Vaniville Town, die, samen met zijn of haar vrienden; Shauna, Calem / Serena, Tierno, en Trevor, uiteengezet op